للوصول للمقاومين بالضفة يقوم الشاباك بجمع المعلومات من خلال العمليات التالية:

الاختراق عبر العنصر البشري – وهم أصحاب المصادر الحية والدقيقة التي تقدم تقارير عما يحدث داخل مجموعات وأفراد المقاومة. حيث يركز على تجنيد أكبر عدد ممكن من العملاء في المناطق الفلسطينية، الذين يعدهم الأقل تكلفة والأسرع أداء للمهام والأكثر دقة في تنفيذ الأهداف العدوانية، وهذا اعتراف من آفي ديختر الذي شغل في الماضي منصب رئيس جهاز "الشاباك"، أنه يعتمد اعتمادًا كليًّا في جمع المعلومات على المصادر البشرية المتعاونة معه، لأنها تكون في الغالب معلومات حيوية وأكيدة ورسمية يمكن الاعتماد عليها مائة من المائة أكثر من المعلومات التي يمكن الحصول عليها بالوسائل الإلكترونية، كأجهزة التنصت والكاميرات المرتبطة بالأقمار الصناعية، التي تحتاج إلى الرجوع أيضًا إلى العملاء للتفسير والاستفسار والتأكيد.

اختراق الوسائل التكنولوجية - الهواتف والحواسيب. يتم جمع المعلومات الاستخباراتية عبر اختراق هذه الوسائل والتي تخضع لعملية المعالجة الفنية ومعالجة اللغة باستخدام القدرات التكنولوجية المتقدمة.

توظيف التقنيات المتقدمة التي قطع تطويرها شوطاً هائلاً يساعد على اعتراض الاتصالات بين أعضاء الخلايا والتعرّف عليهم واعتقالهم في الغالب حتى قبل أن ينفذوا العمليات.

عبر الحصول على المعلومات من مصادر بشرية وتكنولوجية من الممكن الوصول لمعلومات حول الخلايا والعناصر تحركاتها توجهاتها، بناءً على التقييمات المكتوبة التي يعدها الشاباك، يتم التخطيط للعمليات الميدانية وتنفيذ ما يسمى بالعمليات الاستباقية ضد المقاومة بالضفة الغربية

يقول الشاباك أنه خلال مواجهة المقاومة في انتفاضة الاقصى اكتسب خبرة كبير، واستطاع التكيف مع الواقع على الأرض، ولديه عقودًا من المعرفة الوثيقة بالخصم - العشائر والقادة والهياكل التنظيمية وغير ذلك – هذا الواقع مكن الشاباك في مناطق مثل الخليل ونابلس ورام الله وجنين الوصول للبنية التحتية المنظمة للمقاومة وتفكيكها.

يعترف الشاباك أن التعامل مع العمليات الفردية أكثر تعقيدًا لقد تغير الواقع وباتت العمليات الفردية تشكل صعوبة حقيقية في فهم المقاومة والتعرف عليها مبكرا، وان العمليات الفردية انضمت إلى المقاومة المنظمة، لكنها لم تحل محله.

باتت المقاومة الفردية تشكل معضلة حقيقية لأجهزة الاستخبارات الاسرائيلية لعدم وجود عنوان واضح لها يمكن متابعته، ولا يوجد معلومات استخباراتية عن المنفذين لدى أنظمة المعلومات بجهاز الشاباك، لأن معظم المنفذين لا يوجد لها ملفات أمنية ولم يشاركوا في السابق بأنشطة ضد الاحتلال. هذه الحقيقة جعلت من الصعب الكشف المبكر وإعطاء التحذيرات حول العمليات الفردية. وأن خبرة جهاز الشاباك في مواجهة المقاومة المنظمة وتفكيك بنيتها التحتية لا تناسب المقاومة الفردية، لذلك المطلوب نوعًا جديدًا من الاستجابة.

يقر "الشاباك" بأن فرص إحباط عمليات المقاومة الفردية قبل وقوعها متدنية جداً، وذلك بخلاف عمليات المقاومة التي تخطط لها وتنفذها خلايا ومجموعات تتبع تنظيمات قائمة.

تبرز قوة "الشاباك" في مساحة انتشاره وشبكيته واسعة النطاق، شبكات هي الأوسع بين الأنظمة الأمنية الإسرائيلية، وتكمن قوته ونجاحاته الرئيسة في قدرته على تفتيت النسيج الاجتماعي الفلسطيني ما أمكن، ومن ثم الولوج أيضًا لبعض قنوات المقاومة، وصولًا لكونه الآن الذراع الأكثر تأثيرًا في دوائر القرار الإسرائيلية الداخلية، ويتكون الجهاز من أقسام محددة يبلغ عددها ستة أقسام هي: القسم العربي، وقسم مكافحة التجسس ومنع الاختراقات، وقسم الحماية، وقسم التحقيقات، وقسم التكنولوجيا، والهيئة الحكومية لحماية المعلومات.

أما شبكات الجهاز فهي تقسم تبعًا لتقسيم "الشاباك" نفسه للأرض الفلسطينية، حيث يقسمها لثلاث مناطق كبرى، أولاها منطقة القدس والضفة الغربية، وهي أكبر منطقة عمليات للجهاز وهدفه الأساسي فيها إحباط العمليات الفلسطينية المنطلقة منها، ثم المنطقة الجنوبية وهي التالية حجمًا وتقع قيادتها بمدينة عسقلان، ولها مسؤولية إحباط العمليات الفلسطينية المنطلقة من قطاع غزة، ثم المنطقة الشمالية حيث النشاط الإسرائيلي المضاد "للتنظيمات المعادية"، وقد تسلم الجهاز مسؤولية منطقة لبنان بالتعاون مع جهات استخبارية أخرى خلال الغزو الإسرائيلي لها عام 1982.