أظهر تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية عديد الملاحظات والمخالفات الجوهرية في عمل المؤسسات الأهلية والمنظمات غير الحكومية، تمثلت في عدم قيام مجالس الإدارات والهيئات العامة بالمهام والواجبات حسب القانون، إضافة إلى أن البيانات المالية لا تعبر بعدالة عن الوضع المالي لبعض الجمعيات.

وأصدر ديوان الرقابة تقريره الربعي الثالث لعام 2013 تحت عنوان "المخالفات الأكثر شيوعا في المؤسسات الأهلية والمنظمات غير الحكومية"، وسلم  نسخًا منه للرئيس ورئيس الوزراء والمجلس التشريعي ووزير الداخلية.

وبيّن التقرير ضعف النظام المالي والإداري وضعف إجراءات الرقابة والضبط الداخلي لبعض الجمعيات، وعدم التزامها بالقوانين والأنظمة والتعليمات النافذة كإجراءات الشراء وإجراءات الرقابة الداخلية وارتفاع نسبة الصرف على الرقابة والأجور من إجمالي مصروفات الهيئة أو المنظمة وعدم الدقة في احتسابها، وعدم الالتزام بالأنظمة والتعليمات وإجراءات الرقابة الداخلية في تسجيل الإيرادات والتصرف بها.

كما أكد الديوان أن مجموع الأثر المالي الذي ذهب هدرا على خزينة الدولة نتيجة عدم التزام المؤسسات والمنظمات غير الحكومية في تطبيق أحكام القوانين والأنظمة التي تنظم عملها أكثر من 21 مليون شيقل و10 الآف دولار، وبلغت قيمة المبالغ التي ذهبت هدرا على خزينة المنظمات غير الحكومية 437552 شيقل و719151 دولار.

وفيما يتعلق بشبهات الفساد والتزوير وإساءة الائتمان في أعمال الهيئات والمنظمات؛ اكتشف الديوان حالات تندرج تحت جرم الفساد، ومن أهم حالات شبهات الفساد المكتشفة قيام بعض الهيئات والمنظمات بعقد صفقات "من الباطن" عن طريق الاتفاق مع موردين على زيادة مبالغ بعض الفواتير لإظهارها للمانح وتنفيذ مستند الصرف ومن ثم استعادة الفرق عبر التبرعات، ما يُعَدّ احتيالًا.

وأصدر الديوان توصيات من شأنها وقف هذه المخالفات ومنع تكرارها وتحسين أداء هذه المؤسسات، ومنها ضرورة قيام وزارات الاختصاص بمتابعة عمل الجمعيات وفق للمهام والواجبات الموكلة إليها وألا يتوقف دور الوزارات على المتابعة الشكلية لأداء هذه المؤسسات، ومتابعة الأنشطة والبرامج ووضع معايير ومؤشرات للشفافية والمساءلة فيها مع تكثيف الرقابة الشعبية على عمل هذه الجمعيات والإبلاغ عن أية مخالفات أو شبهات فساد.